Le master Chief se réveille enfin de son sommeil cryogénique, mais l'univers a bien changé. Il va découvrir une nouvelle race, bien plus ancienne que le Covenants, un Forerunner, ceux qui sont à l'origine des Halo. Mais ce Forerunner a gardé une rancœur envers l'Humanité depuis plus de 100 000 ans et aujourd'hui, menace la survie de toute choses.