Déterminée à éradiquer l'Humanité, une puissante alliance d'extraterrestres connue sous le nom de covenants mène une guerre sans pitié au fragile empire interstellaire de la Terre. Avec l'aide d'une poignée de survivant de la planète Reach, le capitaine Keyes lance une opération de diversion pour empêcher les extraterrestres de parvenir jusqu'a la Terre. Abattu et pris au piège sur le mystérieux monde de Halo, l'un des derniers représentant des Spartan II avec l'aide de Cortana, engage une guérilla sans merci contre les covenants pour faire face a l'invasion extraterrestre et percez le secret de Halo. La survie de l'Humanité en dépend.