Nous sommes en 2531, vingt ans avant les événements de Halo : Combat Evolved. Les Covenants ont découvert quelque chose sur la planète Harvest. Le vaisseau UNSC l'Esprit de Feu", est dépêche sur place pour enquêter sur les activités de l'ennemis et y mettre un terme. Ce que l'équipage découvre pourrait bien faire toute la différence entre la survie de l'humanité et sa destruction certaine par les Covenants.